Фамилия Бубарков — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, скорее всего, звучало иначе, чем мы привыкли думать. Если отбросить суффикс -ов, указывающий на принадлежность («сын Бубарка»), остаётся корень «бубар-». В русском языке нет слова «бубарь» или «бубарка» в значении профессии или предмета. Это заставляет искать объяснение в диалектах или в искажённом произношении.

Самая вероятная версия — фамилия восходит к прозвищу Бубар, а оно, в свою очередь, к глаголу «бубырить» или «бубаркать». В некоторых южнорусских и украинских говорах так называли человека, который говорил невнятно, бормотал или издавал нечленораздельные звуки. По другой, менее популярной гипотезе, в основе лежит тюркское слово «бубар» — так могли называть толстого, неуклюжего человека или, напротив, вспыльчивого (от «буб» — пар, жар). Но первая версия надёжнее: она объясняет и звукоподражательную природу корня, и то, что фамилия не связана с каким-либо ремеслом или географическим названием.

Обратите внимание на суффикс -к-, входящий в основу. Фамилии на -ков, образованные от прозвищ с уменьшительным суффиксом -к- (Бубарко, Бубарок), типичны для украинской и белорусской традиции. В великорусских землях чаще встречались бы формы Бубарёв или Бубаров. Поэтому Бубарковы, скорее всего, происходят с юго-запада России или из восточной Беларуси, где прозвище Бубарко было естественным. Первые носители фамилии могли быть крестьянами или казаками — сословной привязки у прозвища нет, оно чисто бытовое, характеризующее манеру речи или поведения.

Точных сведений о древности фамилии нет. Встречается она редко, что косвенно подтверждает её диалектное происхождение: прозвище не стало массовым, а закрепилось в одном-двух локальных родах. Сегодня Бубарковых можно найти в Курской, Белгородской областях и в прилегающих районах Украины — там, где говор сохранил слово «бубаркать».