Фамилия Бубанковы — одна из тех русских фамилий, которые образовались от личного прозвища. В основе лежит прозвище Бубанок, а оно, скорее всего, восходит к диалектному слову «буба». В русских говорах «буба» означала «желвак, ушиб, опухоль, болячка». Интересно, что в румынском языке есть почти точное соответствие — слово buba со значением «рана, нарыв, гнойник». Это косвенно подтверждает древность и широкое бытование корня. Соответственно, Бубанком могли прозвать человека с заметной травмой, шрамом или фурункулом — по характерной внешней примете.

Модель образования фамилии простая и типичная для восточнославянской ономастики: суффикс -ов присоединился к основе Бубанок. Фамилии на -ов традиционно означали принадлежность: «чей?» — «Бубанков», то есть сын или потомок Бубанка.

Менее вероятная, но возможная версия связывает прозвище с музыкальным инструментом — бубном. Однако в этом случае мы ожидали бы форму Бубенков или Бубнов. Форма Бубанок с гласной «а» во втором слоге скорее указывает на диалектное произношение или на вариант слова «бубен» с изменённым корнем, но лингвистически версия с «бубой» выглядит убедительнее.

Фамилия Бубанков встречается нечасто, что говорит о её локальном происхождении. Точно определить место и время её возникновения сейчас сложно: процесс становления русских фамилий растянулся на несколько столетий, и многие прозвищные фамилии не оставили письменных следов. Тем не менее, Бубанковы — живой памятник народной речи и бытовой наблюдательности наших предков.