Фамилия Бубарнова — редкий пример, где за основу взято прозвище Бубарный, а не имя или профессия. Прозвище это, скорее всего, украинского происхождения, и у него есть два основных объяснения. Первое отсылает к слову «бубир» — так на юго-западе называли рыбу семейства окуневых, например ерша или судака. Второе, более неожиданное, связывает прозвище с «бубар» — внебрачный ребенок, то есть указание на социальное положение предка. Обе версии имеют право на существование, но вторая выглядит правдоподобнее: прозвища, фиксирующие необычные обстоятельства рождения, в крестьянской среде встречались часто и передавались по наследству как напоминание о родословной.

Суффикс -ов в фамилии указывает на принадлежность: Бубарнов — сын Бубарного. Это типичная модель для русских фамилий, образованных от прозвищ на -ый. Интересно, что основа «бубар» не встречается в центральных великорусских говорах, что выдаёт в носителях фамилии выходцев с территории современной Украины или южных русских областей. География фамилии сегодня неширокая, но именно такие редкие фамилии лучше всего сохраняют память о прозвище, которое когда-то дали одному человеку.