Фамилия Бубавов — редкий случай, когда основа слова не бросается в глаза и не лежит на поверхности. На первый взгляд, она кажется образованной по стандартной русской модели «прозвище + -ов». Суффикс -ов указывает на принадлежность: Бубавов — сын Бубава. Но кто или что такое «Бубав»? В русском языке такого слова нет. Значит, корень либо искажён, либо пришёл из другого языка.

Самая вероятная версия — тюркское происхождение. В тюркских языках (татарском, башкирском, казахском) существует корень «буба» — «дед, предок, отец». Удвоение или добавление аффикса могло дать форму «бубаб» или «бубав» — почтительное прозвище, означающее «почтенный старец», «родоначальник». Тогда Бубавов — это «потомок почтенного предка». Такая модель встречается у многих фамилий тюркского корня, которые обрусели через суффикс -ов.

Менее распространённая, но возможная версия — связь с диалектным или искажённым русским словом. В некоторых говорах «буба» означало «толстяк», «пухлый человек» или даже «нарыв, шишка» (сравните с «бубон»). Прозвище Бубав могли дать человеку с заметной внешностью — полному или с какой-то особенностью. Однако эта версия слабее, потому что слово «бубав» нигде не зафиксировано как самостоятельное, а «буба» в значении «толстяк» — крайне редкое.

Географически фамилия Бубавов почти не встречается в центральных областях России. Её можно найти в Поволжье, на Урале и в Западной Сибири — в регионах, где исторически жили тюркские народы и происходила ассимиляция. Это косвенно подтверждает первую, тюркскую версию. Фамилия не попала в списки дворянских родов и не упоминается в классических ономастических словарях, что говорит о её крестьянском или мещанском происхождении: предки были, скорее всего, государственными или помещичьими крестьянами, принявшими фамилию по прозвищу главы семьи.

Словообразовательно фамилия проста: корень «бубав» (или «бубаб») плюс суффикс -ов. Ударение, скорее всего, падает на последний слог — Бубаво́в, хотя в устной речи возможны колебания. В любом случае, перед нами фамилия-индикатор этнического смешения, где русская форма скрывает тюркское уважительное обращение к старшему в роду.