Фамилия Бобьяков — редкий пример, где прозвищная основа «застряла» в нестандартной словообразовательной форме. Если бы мы имели дело с типичной моделью, фамилия звучала бы как Бобов, Бобков или, реже, Бобяков (от имени Боб, уменьшительного Бобя). Но здесь появляется «ь» — Бобьяков. Этот мягкий знак указывает на то, что в основе лежало не имя, а прозвище Бобья (или Бобя), образованное по той же модели, что и Илья, Дарья, Софья. Скорее всего, так называли человека с какой-то «бобровой» или «бобовой» чертой.

Самая прямая версия отсылает к бобру. Прозвище Бобья мог получить человек с густой темной бородой, скуластым лицом, неуклюжей походкой или, наоборот, сноровистый, как бобр-строитель. В северных и сибирских говорах «бобья» — это самка бобра, и прозвище могло быть ироничным, подчеркивающим хозяйственность или домовитость. Вторая версия, менее вероятная, но тоже возможная — связь с бобами. В диалектах «бобья» или «бобуля» иногда называли толстого, круглого человека. Третья версия — происхождение от крестильного имени Варфоломей (через народную форму Бахва, Бахвалей), но тут требуется несколько фонетических переходов, что делает эту гипотезу натянутой.

Географически фамилия встречается точечно, без явного гнезда. Есть носители в Удмуртии, в Кировской области и на Урале — в регионах, где бобровый промысел был развит исторически, а прозвища от животных были обычным делом. Суффикс -ов указывает на то, что фамилия формировалась в центрально-русской традиции (не на Украине и не в Белоруссии), а мягкий знак в середине — на архаичное, почти утраченное произношение прозвища.

В сословном отношении Бобьяковы, скорее всего, крестьяне или однодворцы. Фамилия не выглядит дворянской или купеческой — в старых родословных книгах она не фигурирует. Она из тех, что возникали в деревне, где человека знали не по отцу, а по уличному прозвищу, и только при переписи записывали его «по-писарски» — Бобьяков.