Фамилия Бобякова — женская форма, а мужская, Бобяков, образована по простой и распространённой модели: к основе прозвища или имени Бобяк добавили типичный русский суффикс принадлежности -ов. Вопрос в том, что скрывается за этой основой.

Самая прямая версия — прозвище от слова «боб»: в старину бобами называли не только растение, но и мелкую, незначительную вещь, а также человека невысокого роста или худощавого. В некоторых говорах «бобом» могли прозвать одинокого крестьянина, не имевшего своего хозяйства — бобыля. Прозвище Бобяк в этом ряду — уменьшительная или уничижительная форма: «маленький боб», «бобылёк».

Есть и другая, менее очевидная версия: в основе может лежать не прозвище, а крестильное имя. В старину существовало редкое каноническое имя Варлаам, которое в народной речи превращалось в Варлам, а затем — в Варлаха, Варлаша и даже в Барлама. От Барлама через сокращение могли получить Бобу, а от Бобы — Бобяка. Эта цепочка сложнее, но не исключена: в русской ономастике известны случаи, когда «б» заменяло начальное «в» в заимствованных именах.

Интересно, что фамилия Бобяков встречается в основном в центральных и южных регионах России — в Тульской, Рязанской, Воронежской областях. Это подсказывает, что прозвище могло быть связано с местными диалектами, где «боб» или «бобяк» имело дополнительный смысл. Например, в рязанских говорах «бобякой» называли не только человека, но и небольшой стог сена — метафора, закрепившаяся за крестьянином, который занимался сенокосом.

В отличие от фамилий на -ский или -ин, модель Бобяков — чисто прозвищная, без географической привязки к поместью. Это значит, что предок носителя фамилии был, скорее всего, крестьянином или посадским человеком, получившим прозвище за внешность, характер или занятие. Фамилия не даёт однозначного ответа, но оставляет пространство для догадок: был ли тот самый Бобяк маленьким и юрким, как боб, или же одиноким бобылём, а может — человеком с именем Варлаам, перекроенным на русский лад.