Фамилия Бугданова — женская форма фамилии Бугданов, а та, в свою очередь, образована от прозвища или имени Бугдан. В основе лежит тюркское слово «буг» (бык) или «буга» (бык, самец). В тюркских языках, особенно в татарском, башкирском, казахском, слово «буга» имело значение «бык-производитель», а в переносном смысле — «крепкий, сильный, упрямый человек». Таким образом, прозвище Бугдан мог получить либо физически мощный мужчина, либо человек с тяжелым, «бычьим» характером.

Модель образования типична для русских фамилий тюркского происхождения. Суффикс -ов присоединился к основе Бугдан, что указывает на принадлежность: «сын Бугдана». Интересно, что в исходном прозвище прослеживается двойная адаптация: сначала тюркское «буга» могло превратиться в имя Бугдан (под влиянием христианских имен с окончанием -дан, например, Иордан или Богдан), а затем уже от этого имени образовалась фамилия. Версия о связи с именем Богдан («Богом данный») менее вероятна, хотя и возможна из-за созвучия: замена «о» на «у» могла произойти в говорах или при записи фамилии в документах.

Географически фамилия Бугдановы чаще всего встречается в регионах с сильным тюркским субстратом: в Поволжье (Татарстан, Башкортостан), на Урале и в Оренбуржье. Это не случайно: именно там русское население веками контактировало с тюрками, заимствуя прозвища и имена. Сословно предки носителей фамилии могли быть как крестьянами, так и служилыми людьми — например, казаками, которые нередко перенимали тюркские прозвища.

По сравнению с однокоренными фамилиями (Бугаев, Буганов, Бугаков) вариант Бугданов стоит особняком: он сохранил архаичный суффикс -дан, который редко встречается в русских фамилиях от тюркских основ. Это придает фамилии оттенок древности и указывает на то, что прозвище могло быть личным именем, а не просто уличной кличкой.