Фамилия Бухгалтер стоит особняком в русском ономастиконе. Если большинство «профессиональных» фамилий образованы от названий ремёсел (Кузнецов, Плотников), то Бухгалтер — это случай, когда прозвище или фамилия напрямую заимствована из канцелярского обихода. Слово «бухгалтер» пришло в русский язык из немецкого (Buchhalter — «держатель книги», то есть счетовод) в петровскую эпоху, вместе с реформами государственного управления и бухгалтерского учёта.

Сама фамилия — редкий пример «говорящей» фамилии, которая не прошла стадию типичного русского суффикса. Она не имеет окончаний -ов, -ев или -ин. Это так называемая «застывшая» форма именительного падежа, характерная для поздних фамилий, которые давали в семинариях или в среде городского чиновничества. В отличие от крестьянских фамилий, которые складывались веками, фамилия Бухгалтер могла возникнуть в XIX веке как уличное прозвище человека, служившего приходо-расходчиком, или как «искусственная» фамилия, присвоенная в учебном заведении.

Словообразовательная модель здесь проста: основа — существительное «бухгалтер», фамилия совпадает с ним по форме. Но это не значит, что предок обязательно был бухгалтером. В сословном обществе XIX века фамилию могли дать «по должности» дворовому человеку, грамотному крестьянину, которого барин поставил вести учёт, или же — что правдоподобнее — сыну канцеляриста, который пошёл по стопам отца. Второй вариант подтверждается тем, что в среде духовенства и мещанства были распространены фамилии вроде Регистратор, Асессоров, Секретарев — по названиям чинов и должностей.

Географически фамилия Бухгалтер не привязана к одному региону, но чаще встречается на западе и юге России, а также в местах, где было развито городское самоуправление и торговля. Её носители — это, скорее всего, потомки мелких служащих, писарей и счетоводов, которые в XIX веке составляли прослойку грамотных людей «не из дворян».

Написание фамилии могло варьироваться: в дореволюционных документах встречается «Бухгалтеръ» с твёрдым знаком. В XX веке форма закрепилась без изменений, что делает её лёгкой для идентификации, но сложной для этимологического разбора — здесь нет многозначности, как в фамилиях от прозвищ. Это редкий случай, когда фамилия — почти прямая выписка из должностной инструкции предка.