Фамилия Бухонкина хранит память о прозвище предка — Бухонка. В основе этого прозвища лежит слово «бухон». По данным этимологического словаря Макса Фасмера, оно восходит к древнерусскому «бухонъ» — так называли вид хлеба. Следовательно, Бухонкой могли прозвать пекаря. Это «профессиональное» прозвище, которое указывало на род занятий человека: скорее всего, предок Бухонкиных выпекал хлеб.

Есть и другая версия. Украинский глагол «бухати» означает «издавать глухие звуки», а также «бить» или «стрелять». Если прозвище связано с этим корнем, то основатель рода мог быть воином — артиллеристом, пушкарем, — либо человеком с громким, зычным голосом. Обе гипотезы имеют право на существование, но первая (связь с хлебом и пекарским делом) выглядит более убедительной: слово «буханка» в значении «хлеб» хорошо знакомо каждому носителю русского языка.

Сама фамилия образована с помощью суффикса -ин, который в русской ономастике указывает на принадлежность: «чей?» — Бухонкин, то есть сын или потомок Бухонки. Такая модель типична для русских фамилий, возникших из прозвищ и мирских имён. Суффикс -к- в основе (Бухонка) придаёт прозвищу уменьшительно-бытовой оттенок, что характерно для повседневного именования в крестьянской и ремесленной среде.

Фамилия Бухонкина — не из самых частых, но её прозрачная внутренняя форма позволяет уверенно говорить о происхождении. Родоначальник, скорее всего, жил в центральной или южной России, где слово «бухан» было в ходу. Со временем прозвище закрепилось как фамильное имя и передалось потомкам.