Фамилия Бухонкин с первого взгляда кажется «хлебной» — так и тянет связать её с буханкой. Но тут как раз тот случай, когда первая догадка может быть верной, но с важной оговоркой: не с современной буханкой хлеба, а с её диалектным и историческим предком.

В основе фамилии лежит прозвище Бухонка. В русских говорах, особенно южных и западных, «бухоней» или «буханкой» называли не только ковригу хлеба, но и пышку, оладыо, а иногда — просто толстого, рыхлого человека. В словаре Даля зафиксировано слово «бухоня» — «толстяк, пузан». Таким образом, первый Бухонкин мог получить прозвище либо за внешность (коренастый, полный), либо за профессию — пекарь, торгующий «буханами».

Суффикс -ин указывает на стандартную модель образования: «чей сын?» — Бухонкин, то есть сын Бухонки. Это одна из самых распространённых моделей в русских фамилиях, и здесь она работает без сбоев.

С географической точки зрения фамилия редкая. Она встречается в основном в центральных областях России и в Поволжье, но не образует плотных гнёзд. Есть основания предполагать, что фамилия могла возникнуть в среде крестьян или посадских людей, где прозвища по внешности или роду занятий были обычным делом. Интересно, что в некоторых регионах «буханкой» называли также деревянную колотушку или чурбан — тогда прозвище могло достаться человеку нерасторопному или, наоборот, крепкому, как обрубок.

В отличие от фамилий на -ский (дворянских или семинарских), Бухонкин — типично «народная» фамилия, образованная без искусственных книжных элементов. Она не получила широкого распространения, поэтому её носители, скорее всего, происходят из одного или нескольких локальных родов, не связанных с аристократией. Спорных версий здесь немного: попытка вывести фамилию от тюркского «буха» (бык) маловероятна, так как русская суффиксация и семантика «буханки» лежат на поверхности.