Фамилия Бухонская звучит так, будто за ней стоит географическое название — и это действительно самый вероятный путь её происхождения. Формант -ск- в русских фамилиях почти всегда указывает на связь с местом: селом, деревней, усадьбой. Так образовывались фамилии дворян и духовенства, но чаще — простых людей, которых записывали по названию родного села. В данном случае основа — Бухонь, Бухонка или Бухонное.

Что могло значить это название? Самое прямое объяснение — от слова «бухать» в значении «глухо звучать, падать, бить». В русских говорах «бухоня» — это неповоротливый, грузный человек, увалень. Прозвище Бухоня могли дать тяжеловесному, медлительному крестьянину. Если этот человек переселился в другую местность, его потомков называли Бухонскими — «выходцы от Бухони». Однако более вероятно, что в основе лежит топоним: название деревни Бухоново или Бухонка, которых на картах России и Беларуси встречается несколько. Тогда фамилия указывает на дворянский род, владевший имением, или на крестьян, переписанных по месту жительства.

Суффикс -ск- в сочетании с окончанием -ая — типичная форма для женского варианта фамилии. Мужская форма — Бухонский. Такое окончание характерно для польской, украинской и белорусской традиции, но в России тоже встречается, особенно среди потомков выходцев из западных губерний. Если предположить, что фамилия польского происхождения, то корень мог быть иным: в польском языке есть слово «buchnąć» (ударить, украсть), но это менее вероятно, чем славянское прозвище или название села.

В сословном отношении Бухонские могли быть как шляхтой, так и крестьянами. В ревизских сказках XIX века эта фамилия встречается в Витебской, Могилёвской и Смоленской губерниях — в зоне, где смешивались русские, белорусские и польские влияния. Известных носителей с громкой исторической биографией нет, поэтому фамилия остаётся типичным примером «местной» ономастики: её носители, скорее всего, жили в одном регионе поколениями, а фамилия закрепилась за ними по названию хутора или урочища.