Фамилия Бухонина образована от прозвища Бухоня. Бухоней в России называли толстяка, пузатого человека. Согласно другой версии, прозвище Бухоня восходит к украинскому глаголу «бухати», который переводится на русский как «произносить глухие звуки», а также «бить, стрелять». В этом случае прозвище Бухоня содержало указание либо на род занятий человека (он мог быть воином), либо на особенности его речи. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Бухоня, со временем получил фамилию Бухонин.