Фамилия Бухонина — женская форма фамилии Бухонин, а та, в свою очередь, образована от личного прозвища Бухоня. Первое, что приходит на ум при разборе этого прозвища — диалектное слово «бухоня», которым в русских говорах называли толстяка, пузатого человека. В таком случае прозвище давали по внешнему признаку: крупному, грузному телосложению.

Однако есть и вторая, не менее интересная версия. Она связывает прозвище Бухоня с украинским глаголом «бухати» — издавать глухие, низкие звуки, а также бить или стрелять. Если следовать этой логике, прозвище могло указывать на род занятий. Например, его мог получить воин — стрелок или пушкарь. Либо человек с громким, «бухающим» голосом.

С точки зрения словообразования фамилия типична для русского севера и центральных областей. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Бухонин — значит «сын Бухони» или «человек из семьи Бухони». Такая модель (основа на -а/-я + -ин) характерна для фамилий, образованных от прозвищ и имён, оканчивающихся на гласный.

Таким образом, фамилия Бухонина (Бухонин) могла возникнуть в среде крестьян или посадских людей, где прозвища цеплялись быстро и метко — за фигуру, голос или занятие. В любом случае, корень у фамилии звукоподражательный и выразительный, что делает её одной из тех, чьё значение угадывается почти интуитивно.