Фамилия Бухонин — одна из тех, что построены по самой ходовой русской модели: прозвище плюс суффикс -ин. Суффикс указывает на принадлежность: Бухонин буквально значит «сын Бухони» или «человек из рода Бухони». Такая форма типична для фамилий, образованных от основ на -а или -я, и в этом смысле Бухонин стоит в одном ряду с Пушкиным, Репиным или Ильиным.

Что скрывается за прозвищем Бухоня — вопрос с двумя правдоподобными ответами. Первый лежит на поверхности: бухоней в русских говорах называли толстяка, пузатого человека. Прозвище давали по заметной внешней примете — без злого умысла, скорее по-свойски. Второй вариант уводит в украинский язык: глагол «бухати» означал «издавать глухие звуки», «бить», «стрелять». Если держаться этой версии, прозвище могло закрепиться за человеком с тяжёлой, гулкой речью либо за воином — стрелком или пушкарём. Какая из версий ближе к истине, сказать трудно: обе лингвистически состоятельны, и окончательный выбор зависит от того, в какой местности прозвище возникло и кто был его первый носитель.

В фамилии Бухонин интересен не только корень, но и его редкая огласовка. Прозвище Бухоня могло быть образовано от глагола «бухнуть» — «ударить», «упасть с шумом», «внезапно разбухнуть». В таком случае «бухоня» — это человек, который делает что-то резко, шумно, неожиданно. Сравните с диалектным «бухня» — «неуклюжий, неповоротливый человек». Слово живёт в народной речи до сих пор, хотя и ушло на периферию.

Географически фамилия Бухонин встречается в разных регионах России, но чаще — в областях, граничащих с Украиной: Курской, Белгородской, Воронежской. Это косвенно поддерживает версию об украинском корне, хотя и не доказывает её. В документах XVII–XVIII веков фамилия не зафиксирована, что говорит о её относительно позднем оформлении — скорее всего, в среде крестьян или однодворцев, у которых фамилии закрепились позже, чем у дворянства.

Точное время и место возникновения фамилии Бухонин сегодня установить невозможно — процесс становления русских фамилий растянулся на несколько столетий и проходил неравномерно. Но сам факт, что прозвище дожило до фамилии, говорит о его яркости: Бухоню запомнили, а значит, за ним стоял человек с характером, профессией или внешностью, которые не остались незамеченными.