Фамилия Бухонная — редкий случай, когда женская форма фамилии закрепилась в качестве основной и единственной. В русской традиции фамилии на -ой (Бухонной) или -ая (Бухонная) обычно принадлежали женщинам, а мужской вариант звучал бы как Бухонный. Однако в современном употреблении фамилия фиксируется именно в женском роде, что сразу указывает на её возможное происхождение от прозвища или профессии матери семейства, либо на то, что в документах она была записана за вдовой или незамужней женщиной.

Основа фамилии — слово «бухон» или «бухонный». В русских говорах «бухоном» называли пышный, вздутый хлеб, каравай, а также сдобную булку. Отсюда «бухонный» — относящийся к такому хлебу, либо человек, который его печёт или продаёт. Скорее всего, фамилия образована от прозвища Бухонный, которое давали пекарю, хлебопёку или торговцу сдобой. Примечательно, что суффикс -он- в основе встречается в ономастике нечасто и указывает на диалектное, местное словообразование: в центральных и южных говорах «бухать» означало «вздуваться, подниматься» (о тесте), поэтому «бухон» — то, что взошло, поднялось.

Географически фамилия тяготеет к южнорусским и украинским областям. Встречается в Курской, Белгородской, Воронежской областях, а также на Кубани. Это зона, где были сильны традиции домашнего хлебопечения и развита торговля хлебом на ярмарках. Возможно, предок носительницы фамилии был булочником или содержал хлебную лавку. Менее вероятная, но допустимая версия — происхождение от прозвища Бухоня (как вариант Буханя), то есть человека полного, грузного, похожего на пышный каравай. В этом случае фамилия отражала бы внешность, а не род занятий.

В написании фамилии встречаются колебания: в старых метрических книгах можно найти варианты Буханная (от «буханка»), Бухонная и даже Бухонная с ударением на второй слог. Современная орфография закрепила форму с буквой «о» в корне, что ближе к диалектному произношению. Фамилия недворянская, крестьянская или мещанская, что подтверждается её «ремесленным» корнем и отсутствием в родословных книгах.