Фамилия Бухраткин образована от прозвища Бухратка (или Бухрятка). В основе лежит сибирское диалектное слово «бухря» — так говорили о полном, упитанном человеке. Слово «бухря» родственно глаголу «бухнуть» в значении «пухнуть, вздуваться, разбухать от влаги». Полнота в старину не считалась недостатком: дородность связывали с сытостью, здоровьем и достатком, тогда как худоба указывала на болезнь или бедность. Поэтому прозвища вроде Бухратка не были обидными, а скорее описывали крепкого, зажиточного человека.

Фамилия образована по продуктивной модели на -ин: суффикс указывает на принадлежность — «сын Бухратки». Такое окончание типично для фамилий, возникших от основ на -а или -я. Географически фамилия тяготеет к Сибири и Уралу, где диалектное слово «бухря» бытовало особенно широко. Встречается она нечасто, что говорит о локальном происхождении: скорее всего, родоначальник жил в одном из сибирских селений, где прозвище закрепилось за его семьёй.

Любопытно, что с тем же корнем связаны фамилии Бухрин, Бухряков и Бухряев. Все они отталкиваются от одного прозвищного гнезда, но различаются суффиксами и окончаниями, что отражает разные говоры или способы оформления фамилий в документах. У фамилии Бухраткин суффикс -к- в основе (Бухратк-а) указывает на уменьшительно-ласкательную форму: так могли называть не самого старшего в роду, а, например, младшего сына или подростка.

В современных справочниках фамилия не описана подробно, но её прозрачная этимология не вызывает споров. Версия с диалектным «бухря» — единственная убедительная; связывать корень с тюркскими языками или с глаголом «бухтеть» (ворчать) маловероятно, так как это противоречит фонетике и словообразованию.