Фамилия Букоткина — женская форма, в основе которой лежит мужское прозвище Букотка. Исходное прозвище, скорее всего, связано с белорусским словом «букота» — так называют гору округлой формы. Если придерживаться этой версии, прозвище указывало на место жительства предка: он жил у подножия такой горы или на возвышенности. География фамилии подтверждает эту связь — Букоткины встречаются в основном в западных регионах России и на границе с Белоруссией, где слово «букота» было в ходу.

Есть и другая версия, менее убедительная, но тоже имеющая право на существование. Прозвище могли дать от названия дерева бук. В народной традиции такие «растительные» прозвища давали детям, чтобы природа приняла ребёнка как своего и передала ему силу и долголетие дерева. Однако эта версия слабее: прозвище Букотка, а не Бук, указывает скорее на уменьшительную форму, что для охранительного имени нехарактерно — обычно брали прямое название.

Наконец, третья гипотеза связывает прозвище с диалектным словом «бук» — долблёная кадка или корыто для стирки. В таком случае Букотка — это прозвище по ремеслу. Предок мог быть бондарем или плотником, который делал такие кадки. Эта версия правдоподобна, но уступает первой по частоте упоминаний в ономастических источниках.

Сама фамилия образовалась по стандартной русской модели: к основе Букотк- добавили суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — «Букоткин»). Окончание -а в Букоткина — показатель женского рода. Мужской вариант — Букоткин. Фамилия довольно редкая, в списках частотных русских фамилий не значится, что говорит о её локальном происхождении. Скорее всего, родоначальник жил на западе или юго-западе России, где и закрепилось это прозвище.