Фамилия Булюктов — один из тех редких случаев, когда корень слова почти наверняка тюркский, а суффикс — русский, и это сразу указывает на географию и историю её появления. Основа «булюк» или «бюлюк» восходит к тюркскому bölük (от böl- «делить, разделять»). В языках Поволжья, Урала и Сибири (татарском, башкирском, казахском) это слово имело несколько значений: «часть, отделение, отряд», а также «толпа, группа людей». В военной и административной лексике Османской империи и тюркских ханств «бёлюк» означал подразделение воинов, роту или сотню.

Самый вероятный путь образования фамилии — от прозвища Булюк (или Булюкт), которое давали либо командиру такого отряда, либо человеку, который постоянно собирал вокруг себя толпу, был заводилой. Суффикс «-т» в основе — не редкость для тюркских заимствований в русских фамилиях (сравните: Арсланов — Арслан, но Булюков — Булюк, а Булюктов — от формы Булюкт). Вариант с конечным «-т» мог возникнуть в диалектах, где слово приобрело дополнительный аффикс принадлежности или просто закрепилось в речи как Булюкт. Фамилия образована по стандартной русской модели: к основе Булюкт добавили патронимический суффикс «-ов», означающий «сын Булюкта».

Географически фамилия Булюктов тяготеет к регионам, где русское население веками соседствовало с тюркским: Оренбуржье, Башкортостан, Татарстан, южный Урал. В дореволюционных списках она встречается нечасто, что говорит о её локальном, возможно, казачьем или крестьянском происхождении. Носители фамилии могли быть потомками служилых людей, которые переняли прозвище от соседей-башкир или татар, либо обрусевшими представителями тюркских народов, принявшими православие и получившими фамилию по отцу.

Менее вероятная, но допустимая версия связывает основу с русским диалектным словом «булюкать» (бормотать, говорить невнятно) или «булыкать» (издавать булькающие звуки). В таком случае прозвище Булюк дали бы неразборчиво говорящему человеку. Однако эта гипотеза слабее, так как суффиксальная модель «Булюктов» совершенно нетипична для чисто русских прозвищ от глаголов — обычно они дают фамилии вроде Булыгин или Булюкин. Тюркский корень объясняет и редкую форму, и то, что фамилия не получила широкого распространения за пределами определенной этноконтактной зоны.