Фамилия Буненков — одна из тех, где за привычным русским окончанием скрывается нерусский корень. Основа здесь — прозвище Буня. В старину так называли человека строгого, гордого нравом, либо того, кто отличался особой манерой речи. Прозвище это древнее: в документах XV–XVI веков упоминаются крестьяне Буня во Владимире и Новгороде, а также Иван Майков Бунин в Ряжске (1579 год).

Но вот что интересно: прежде чем стать Буненковым, род, вероятно, носил фамилию Буненко. Это типичная украинская или белорусская модель на -енко, означающая «потомок» или «маленький» (то есть сын Буни). Когда носители переселились в великорусские земли, фамилию русифицировали, добавив суффикс -ов. Так Буненко превратился в Буненкова — по тому же принципу, что и Гриценко в Гриценкова, а Ткаченко в Ткаченкова.

Таким образом, фамилия хранит память о двух этапах: сначала о прозвище предка, затем о миграции семьи и языковой адаптации. Встречается она преимущественно в центральных и южных областях России, где исторически смешивались русское и украинское население.