Фамилия Буненкова — женская форма от Буненков, и её стоит разбирать, отталкиваясь от мужского варианта. В основе лежит прозвище или неканоническое имя Буня. В русских говорах слово «буня» имело несколько значений: так могли называть ворчуна, брюзгу (от глагола «бунеть» — ворчать, гудеть), а также заносчивого, спесивого человека. В словаре Владимира Даля зафиксировано и слово «буня» в значении «пунш, род питья», но для прозвища эта версия менее вероятна.

Суффикс -енков указывает на модель образования, типичную для центральных и южнорусских регионов. В отличие от северных и северо-западных земель, где преобладали фамилии на -ов/-ев, в районах, например, бывшей Тульской, Рязанской, Орловской губерний, часто использовался суффикс -енков, означающий «сын такого-то». То есть Буненков — буквально «сын Буни». Это говорит о том, что родоначальник фамилии жил, скорее всего, в одном из этих регионов или в смежных с ними.

Сама основа Буня — усечённая форма от полного крестильного имени. В русской традиции так могли сокращать Будимира, Будислава или, что встречалось чаще, Будимира — имя славянского происхождения, означающее «будящий мир». В быту длинные имена сокращали, а прозвище Буня закреплялось за человеком и переходило к детям уже как фамильное имя. Второй возможный вариант — связь с глаголом «бунить» (шуметь, гудеть), и тогда прозвище давалось человеку с громким голосом или неспокойным нравом.

Встречаемость фамилии Буненков невысока. По данным открытых источников, носители сосредоточены в центральной России, а также встречаются на Урале и в Сибири, куда могли переселиться крестьяне из центральных губерний в ходе аграрной реформы или позднейших миграций. Женская форма Буненкова сохраняет ту же географию и историю: она указывает на принадлежность к роду Буненковых, чей предок носил прозвище или имя Буня.