Фамилия Бупежанов — редкий случай, когда географическая привязка почти наверняка указывает на происхождение. Основной ареал фамилии — Казахстан и прилегающие регионы России, что сразу отсекает множество славянских версий. В основе лежит тюркское (скорее всего, казахское) личное имя или прозвище Бупежан.

Разберём имя по частям. Первая часть — «Бупе» — может восходить к слову «бөпе» (в казахском произношении близко к «бөбе»), что значит «малыш», «дитя», «младенец». В тюркской ономастике такие имена давали, чтобы обмануть злых духов: считалось, что имя, означающее «маленький» или «ничтожный», отведёт от ребёнка болезни и смерть. Вторая часть — «жан» — один из самых распространённых компонентов в восточных именах, переводится как «душа». Получается «душа-младенец» или «дитя души». Это ласкательное, охранительное имя, которое могло стать основой для фамилии.

Суффикс «-ов» указывает на русскую модель образования фамилии, которая была навязана при документальном оформлении в Российской империи или СССР. Изначально форма была Бупежан, а при добавлении суффикса принадлежности получилось «сын Бупежана» — Бупежанов. Это типичная ситуация для тюркских фамилий, записанных по русскому стандарту: в отличие от казахских окончаний «-улы»/«-кызы», здесь использовали привычный для чиновников суффикс.

Встречаются варианты написания с одной буквой «н» — Бупежанов и с двумя — Бупежаннов. Второй вариант — результат позднейших канцелярских ошибок или двойной русификации, когда к основе «Бупежан» сначала прибавили русский суффикс «-ов», а потом по ошибке добавили ещё одно «н», думая, что это часть основы.

Таким образом, предки носителя фамилии Бупежанов, скорее всего, были казахами или представителями другого тюркского народа, жившими в степных районах. Фамилия несёт в себе архаичный обереговый смысл: имя-пожелание, чтобы ребёнок оставался «маленьким» для злых сил, но вырос здоровым.