Фамилия Бурохтин — одна из тех, где на первый взгляд всё ясно, а при ближайшем рассмотрении начинаются вопросы. Корень «бурохт» не встречается ни в современных словарях, ни в древнерусских памятниках как самостоятельное слово. Это значит, что перед нами либо прозвище, собранное из двух частей, либо искажённое звучание более привычной основы.

Самая вероятная версия ведёт к диалектному глаголу «бурохтить» или «бурахтать», который в северных и сибирских говорах означал «возиться, барахтаться, суетиться без толку». В архангельских и вятских говорах «бурохта» — это непоседливый, суетливый человек, который постоянно копошится, но ничего путного не делает. Фамилия Бурохтин, скорее всего, образовалась от такого прозвища по модели «прозвище + -ин»: Бурохта → Бурохтин. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «сын Бурохты». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от прозвищ и имён, оканчивающихся на -а, -я.

Менее убедительно выглядит версия о сложении корней «бур» (от «бурый») и «охта» (финно-угорское «река»). Сторонники этой гипотезы предполагают, что Бурохтин — это «живущий на бурой реке» (в Карелии и Архангельской области действительно есть река Охта, а бурый цвет воды — частое явление в таёжных реках). Однако для русской ономастики такой способ образования фамилии — напрямую от топонима без суффикса -ский — крайне редок. Обычно от названий рек и сёл делали фамилии на -ский (Охтинский, Бурохтинский), а не на -ин. Поэтому прозвищная версия надёжнее.

Географически фамилия тяготеет к Русскому Северу. По данным современных исследований, наибольшая плотность носителей фамилии Бурохтин фиксируется в Кировской области и Пермском крае — то есть на территории бывшей Вятской губернии, где слово «бурохта» было в ходу. Встречается фамилия и в Архангельской области, что подтверждает диалектную природу корня.

С точки зрения социальной истории, Бурохтины — это, скорее всего, потомки государственных крестьян или черносошных крестьян Севера, не знавших крепостного права. Прозвище Бурохта могли дать человеку с беспокойным, хлопотливым характером или, наоборот, тому, кто постоянно «барахтался» в хозяйственных делах, не имея передышки. Сословных ограничений для такой фамилии не было: её могли носить и крестьяне, и посадские, и даже священнослужители, если прозвище закреплялось в семье.

В написании фамилии возможна путаница с похожей фамилией Бурахтин (от «бурахтать»). Оба варианта существуют, но Бурохтин выглядит как более архаичная, северная форма, где гласная «о» сохранилась под влиянием аканья или местного произношения.