Фамилия Бушухин образована от прозвища Бушуха. Его основа — глагол «бушевать», который в русских говорах значил не только «шуметь, буянить», но и «озорничать, проказничать». Прозвище Бушуха могли дать человеку вспыльчивому, несдержанному или, наоборот, тому, кто любил пошуметь ради забавы — балагуру и задире.

Притяжательный суффикс -ин указывает на принадлежность: Бушухин буквально означает «сын Бушухи». Такая модель типична для северных и центральных областей России, где фамилии на -ин широко распространены. Среди однокоренных фамилий — Бушуев, Бушуйкин, Бушмин. Все они восходят к тому же корню, но различаются суффиксами: -ев и -ин указывают на разные варианты прозвища (Бушуй и Бушуха).

В словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) прозвища от глагола «бушевать» фиксируются как «шумный, буйный человек». Однако стоит учесть, что в некоторых говорах «буша» или «бушуха» могло означать и «сильный ветер», «бурю» — в переносном смысле прозвище могло достаться резкому, порывистому человеку.

Фамилия редкая, в списках распространённых не значится. Встречается в основном на юге России и в Поволжье — например, в архивных записях по Воронежской и Саратовской губерниям. Сословного барьера у неё не было: прозвище Бушуха могли дать и крестьянину, и мещанину, и казаку. Точных сведений о дворянском происхождении нет — скорее всего, фамилия осталась в крестьянской или мещанской среде.