Фамилия Бутэнко звучит нехарактерно для русского уха — и это подсказка. Она образована не от славянского корня, а от тюркского или кавказского имени или прозвища. Основа «Бут» или «Бутэ» восходит к тюркскому слову «бут» — «нога», «бедро». В переносном значении так могли назвать человека с длинными ногами, быстрого ходока или, наоборот, того, кто хромал или имел особенность походки. В некоторых тюркских языках «бут» означает также «идол», «кумир», что могло стать языческим именем-оберегом.

Суффикс «-энко» — типичный украинский патронимический формант, означающий «маленький», «сын» или «потомок». То есть Бутэнко — это «сын Бута» или «потомок человека по прозвищу Бут». Сочетание тюркской основы с украинским суффиксом указывает на территорию формирования фамилии: южнорусские или украинские земли, где издавна соседствовали славянское и тюркское население — Запорожье, Слобожанщина, Кубань. Фамилия могла закрепиться за казаком, получившим прозвище от татарского или ногайского соседа.

Написание через «э» (Бутэнко, а не Бутенко) встречается реже и может быть результатом поздней фиксации в документах, где старались передать произношение. В украинском языке «е» в безударной позиции звучит ближе к «э», поэтому оба варианта — Бутенко и Бутэнко — по сути однофамильцы, различающиеся лишь орфографией. Родственные фамилии: Бут, Бутко, Бутов, Бутаков.

Социальный состав носителей был разнородным: от реестровых казаков до крестьян-однодворцев южных губерний. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано — это фамилия простого люда, у которого прозвище закрепилось как наследственное имя.