Фамилия Бутнко — довольно редкий случай в русской ономастике. В первую очередь бросается в глаза суффикс «-ко», который типичен для украинских фамилий и указывает на западнорусские или малороссийские корни. В украинской традиции суффикс «-ко» часто выполнял уменьшительную или «сыновью» функцию, то есть буквально означал «маленький» или «сын такого-то». Таким образом, Бутнко — это, скорее всего, «сын Бута» или «маленький Бут».

Основа фамилии — «Бут» — может восходить к нескольким источникам. Самое вероятное объяснение — от прозвища или мирского имени Бут. В древнерусском языке слово «бут» означало «глупый, тупой» (ср. диалектное «бутуз» — увалень). Однако не стоит спешить с негативной оценкой: прозвища такого рода в старину давали не столько для унижения, сколько как оберег или по внешнему признаку (например, крепкий, плотный человек). Другая версия, менее распространённая, связывает «Бут» с глаголом «бутить» — забивать, закладывать, то есть прозвище мог получить каменщик или строитель, который занимался бутовой кладкой.

Встречается фамилия преимущественно в западных областях России и на Украине. В отличие от фамилий на «-ов» и «-ин», которые массово давали крестьянам после отмены крепостного права, Бутнко сохранила более архаичную модель, характерную для казачьей среды или мещанства. В ревизских сказках XIX века носителей этой фамилии можно найти среди жителей Черниговской, Полтавской и Киевской губерний. Сословная принадлежность была разной: от казаков до однодворцев, но почти никогда — дворянство, так как суффикс «-ко» редко встречается в фамилиях высшего сословия.

С точки зрения словообразования, фамилия стоит в ряду однокоренных: Бут, Бутов, Бутенко, Бутин. Разница в суффиксах указывает на разные регионы и эпохи возникновения: «-ов» — севернее, «-енко» — классическая украинская модель, а «-нко» — более редкий вариант, возможно, с усечением основы. В написании Бутнко с двумя согласными на стыке корня и суффикса чувствуется просторечная или диалектная черта — так фамилию могли записать при переписи, когда носитель произносил её бегло, без отчётливой гласной.