Фамилия Бутнин принадлежит к числу русских фамилий, образованных от прозвища или профессии с помощью суффикса -ин. Этот суффикс указывает на принадлежность: Бутнин — «сын Буты» или «человек из семьи Буты». Основа здесь — «Бутня» или «Бутна», но гораздо вероятнее, что исходным словом было «бут» или «бутень».

В русских говорах слово «бут» имело несколько значений. В южных и западных регионах «бут» — это каменная кладка, щебень, бутовый камень, а «бутить» значило закладывать фундамент, мостить. Человек, занятый такой работой, мог получить прозвище Бута или Бутень — от него и пошла фамилия. Вторая, более редкая версия: в некоторых диалектах «бутеня» или «бутыня» означало толстяка, увальня, неповоротливого человека. Такое прозвище тоже могло закрепиться за родоначальником.

С точки зрения словообразовательной модели фамилия Бутнин стоит в одном ряду с фамилиями Бутов, Буткин, Бутягин. Однако суффикс -ин здесь указывает на то, что основа оканчивалась на -а или -я (Бута → Бутнин, Бутня → Бутнин), а не на твёрдый согласный, как в случае с Бутовым. Это типично для северных и центральных русских говоров, где -ин был распространён шире, чем на юге.

Интересная деталь: фамилия Бутнин — редкая. В дореволюционных справочниках и метрических книгах она встречается преимущественно в Вятской и Пермской губерниях, что косвенно подтверждает версию о «каменном» корне: на Урале и в Прикамье бутовый камень добывали и использовали активно, а профессия «бутальщика» (каменщика по бутовой кладке) была известна. Возможно, предки Бутниных были мастерами-каменщиками или занимались добычей камня.

Никаких известных исторических личностей с этой фамилией нет, что типично для прозвищных фамилий крестьянского и мещанского сословия. Фамилия недворянская, скорее всего, закрепилась в среде ремесленников или государственных крестьян. Сегодня носители фамилии живут в основном в центральной России и Поволжье, но численно она остаётся немногочисленной.