Фамилия Бутнев происходит от личного имени или прозвища Бутень. Самая распространённая версия связывает его с названием растения бутень — двулетней травы со съедобными клубнями, которую использовали и в народной медицине. В древнерусской традиции такие «растительные» имена давали детям, чтобы «закрепить» за ними здоровье и силу природы. Мальчика могли назвать Бутнем, желая, чтобы он рос крепким, как дикорастущая трава, и перенял её полезные свойства.

Есть и другое объяснение. Глагол «бутеть» в некоторых говорах означал «толстеть, полнеть». В этом случае Бутнем могли прозвать человека дородного, плотного телосложения. На Руси полнота не считалась недостатком — наоборот, она говорила о крепком здоровье и достатке в доме, поэтому такое прозвище могло быть даже почётным.

Суффикс -ев в фамилии указывает на принадлежность: Бутнев — это «сын Бутня» или «из рода Бутня». Модель образования типична для русских фамилий, закрепившихся в XVI–XVII веках в среде крестьян и посадских людей. Заметим, что у фамилии есть однокоренные «собратья» — Бутенев, Бутенин, Бутов, но именно вариант Бутнев встречается реже, что делает его интересным для локальных генеалогических поисков. Скорее всего, фамилия закрепилась на территориях, где слово «бутень» было в ходу, — в центральных и южнорусских областях.