Фамилия Буттубаева образована от мужского имени Буттубай, а оно, в свою очередь, — сложное тюркское составное имя. Первая часть, «бут», восходит к согдийскому слову «бут» (или «пут») — «Будда». В доисламской Центральной Азии это было распространённым элементом имён, означавшим не столько религиозную принадлежность, сколько пожелание красоты, мудрости или божественного покровительства. Вторая часть, «бай», — классический тюркский титул, означающий «богатый», «господин», «хозяин». Таким образом, имя Буттубай буквально означает «богатый, как Будда» или «обладающий красотой и мудростью Будды».

Фамилия Буттубаева — женская форма, указывающая на принадлежность к роду Буттубаевых. Мужской вариант — Буттубаев. Суффикс -ев (а не -ов) указывает на то, что основа фамилии оканчивается на мягкий согласный или на й. В данном случае это закономерно: имя Буттубай дало основу Буттуба- (при усечении конечного -й), к которой и присоединился фамильный суффикс.

Фамилия имеет ярко выраженную региональную привязку. Она характерна для народов, говорящих на киргизском и, реже, на казахском языках. Встречается преимущественно на юге Киргизии, в Ошской и Джалал-Абадской областях. Носители фамилии, по всей видимости, происходят из одного из киргизских родов, где имя Буттубай было распространено. Сословно это, скорее всего, потомки свободных общинников, скотоводов или земледельцев, поскольку составные имена с «бай» в кочевой среде не были привилегией знати, а служили скорее пожеланием благополучия.

Обычно старые ономастические словари обходят такие фамилии стороной из-за их малой распространённости в европейской части России. Однако корень «бут» — интересный маркер древних культурных контактов: через согдийских купцов буддийские образы проникли в тюркскую ономастику задолго до исламизации региона. Так что фамилия Буттубаева — не просто родовое имя, а отголосок доисламской эпохи Центральной Азии, сохранившийся в живой речи.