Фамилия Бутуева образована от прозвища Бутуй — и это тот случай, когда у прозвища есть минимум две версии происхождения, причём ведут они в разные языковые миры. Первая версия отсылает к якутскому глаголу «бутуй» — «путать, запутывать, искажать». В таком случае Бутуем могли назвать лгуна или обманщика, который намеренно вводил людей в заблуждение. Вторая версия ведёт к бурятскому слову «бута» — «муравейник». Здесь прозвище приобретает совершенно другой смысл: Бутуем называли трудолюбивого человека, а иногда — выходца из очень большой семьи, по аналогии с муравьиной колонией.

Словообразовательная модель фамилии проста: суффикс -ев присоединился к основе Бутуй, указывая на принадлежность («чей?» — из рода Бутуя). Такая модель типична для русских фамилий, образованных от прозвищ, и не даёт подсказки о сословии предков — Бутуевы могли быть и крестьянами, и казаками, и мещанами. Интересно, что фамилия встречается преимущественно в регионах, где исторически пересекались русское и сибирское население: в Забайкалье, Якутии, Бурятии. Это косвенно подтверждает, что корни прозвища действительно лежат в тюркских или монгольских языках, а сама фамилия закрепилась в русской среде через межэтнические контакты.

Из двух версий более правдоподобной выглядит якутская: глагол «бутуй» имеет прямое отношение к человеческому поведению, а прозвища по отрицательным качествам в русской традиции давали охотно. Версия с «муравейником» красива, но менее типична для прозвищ — скорее, это могло быть топонимическое прозвище (по названию местности), но не основное значение. В любом случае, фамилия Бутуева — редкий пример, когда этимология ведёт не в славянские корни, а в языки народов Сибири, и это делает её особенно интересной для краеведческого поиска.