Фамилия Бутуханова — редкий случай, когда основа, скорее всего, не тюркская, а иранская, что сразу выделяет её из массы фамилий на -ов. Если отбросить суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?»), и женское окончание -а, мы получаем мужскую форму Бутуханов. Корень здесь — «буту» или «бут». В осетинском языке, который относится к иранской группе, слово «буту» означает «козёл» или «козлёнок». При этом вторая часть — «хан» — не титул, а распространённый в кавказских и тюркских языках компонент, который часто добавляли к прозвищам для усиления или как часть антропонима.

Исходное прозвище Бутухан, таким образом, могло означать «козёл» или «козлёнок» в переносном, прозвищном смысле. В горских обществах такое имя давали не в обиду, а по традиции: в качестве оберега, чтобы злые духи не позарились на ребёнка, называя его чем-то незначительным или животным. Другая, менее вероятная версия, выводит «буту» из тюркского «буту» (нога, бедро), но на Кавказе, особенно в Осетии, осетинская этимология выглядит убедительнее.

Географически фамилия почти наверняка осетинская, с высокой концентрацией в Дигорском ущелье и среди дигорцев. Суффикс -ов здесь — результат русификации осетинских фамилий в XIX веке, когда их записывали в метрики по русской модели. В отличие от фамилий на -ты (Бутухаты), которые остались в исконной осетинской форме, вариант на -ов закрепился в официальных документах.

Интересно, что фамилия избежала массовой тюркской интерпретации, хотя звучит похоже на многие татарские или башкирские. Сравните с однокоренными осетинскими фамилиями Бутуев или Бутаев — у них та же основа «бут» (козёл) и та же логика прозвища. Носители фамилии Бутуханова, скорее всего, потомки горцев-скотоводов, живших в предгорьях Кавказа, где козоводство было одним из основных занятий.