Фамилия Бутышкина — женская форма фамилии Бутышкин, и её происхождение напрямую связано с прозвищем или неканоническим именем Бутышка. Основа здесь прозрачна: слово «бутылка» или уменьшительное «бутышка». Но что именно стояло за таким прозвищем — вопрос более интересный.

Самая прямая версия — прозвище по роду занятий. Бутышкой могли называть стеклодува, бондаря (мастера, делавшего деревянные оплетки для стеклянной посуды) или торговца, разносившего напитки в бутылях. В русских говорах слово «бутышка» нередко означало не только сосуд, но и «пузатого, толстого человека» — по внешнему сходству с раздутой бутылью. Такие прозвища по внешности давали охотно и без злого умысла, просто как примету.

Встречается и более редкая гипотеза: связь с диалектным глаголом «бутыскать» — стучать, колотить, или с «бутызгаться» — упираться, брыкаться. Тогда прозвище Бутышка могло закрепиться за человеком драчливым, шумным или упрямым. Эта версия менее распространена, но лингвистически возможна, особенно если фамилия бытует в регионах, где такая лексика фиксировалась (например, в северных или сибирских говорах).

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Бутышкин — сын Бутышки. Модель образования типична для русских фамилий, возникших из прозвищ, оканчивающихся на -а/-я. Такие фамилии чаще всего появлялись в среде крестьян и посадских людей, а не в дворянской среде, где преобладали фамилии на -ов/-ев или -ский. Географически фамилия Бутышкин (и Бутышкина) не привязана к одной местности, но чаще встречается в центральных и поволжских областях России, что косвенно подтверждает её «ремесленный» или «бытовой» корень.

Таким образом, предок носительницы фамилии Бутышкина мог быть либо стекольщиком, либо торговцем, либо просто человеком с заметной внешностью или крутым нравом — и прозвище закрепилось за его потомками. Других версий, подкреплённых серьёзными ономастическими источниками, по этой фамилии нет.