Фамилия Бутышкис — яркий пример того, как русское по происхождению слово приобрело литовскую или латышскую огласовку. Перед нами не русская фамилия с суффиксом, а результат балтийского влияния: окончание -ис (или -ас, -ус) характерно для литовских и латышских фамилий. В русском языке такое окончание почти не встречается, поэтому можно с уверенностью сказать, что основа фамилии — русская, а вот её «упаковка» — балтийская.

В основе лежит слово «бутылка» или, что ещё вероятнее, уменьшительное «бутышка». В русских говорах «бутышкой» называли небольшую бутылку, а также могли дать такое прозвище человеку. Прозвище Бутышка мог получить либо бондарь, делавший бутыли, либо торговец разливным вином или маслом, либо просто человек с характерной внешностью — например, коренастый, с округлым животом, напоминающим бутылку. В ономастике такой тип прозвищ по сходству с предметом встречается повсеместно: вспомните фамилии Шапка, Горшок, Ковш.

Фамилия Бутышкис могла возникнуть на территории современной Литвы или Латвии, куда русские ремесленники и торговцы переселялись в XVII–XIX веках. Местные писцы или сам носитель приспособили русскую фамилию к местной грамматике, добавив окончание -ис. По той же модели появились фамилии Пятрайтис, Балтрушайтис или русские по корню, но с балтийским суффиксом — например, Кузнецов превращался в Кузнецовас, а Бутышкин — в Бутышкиса.

Если сравнивать с однокоренными русскими фамилиями, то Бутышкис соответствует фамилии Бутышкин. Разница только в суффиксе: русский -ин указывал на принадлежность («сын Бутышки»), а балтийский -ис — на грамматическую форму именительного падежа. Встречается и вариант Бутылко — типично украинский, с уменьшительным суффиксом -к-. Все они восходят к одному и тому же прозвищу.

Точных данных о сословии первых носителей фамилии Бутышкис нет. Скорее всего, это были мещане или ремесленники — люди, чья профессия или внешность дали повод для меткого прозвища. В метрических книгах западных губерний Российской империи эта фамилия встречается, но нечастотно. Сегодня она редкая и, скорее всего, указывает на предков из числа русских или белорусов, живших в Литве или Латвии.