Фамилия Бутышев образована от прозвища Бутыш. Его происхождение неочевидно, и у исследователей есть несколько версий, ни одна из которых не отбрасывается окончательно.

Наиболее экзотичная и при этом хорошо обоснованная гипотеза ведет прозвище к татарскому слову «бутыш». В тюркской мифологии так называли духа природы, божество, иногда — конкретно водяного. Слово это, по мнению лингвистов, было заимствовано в татарский из чувашского языка. В древности у многих народов существовал обычай давать детям «охранительные» имена — чтобы обмануть злых духов и отвести от ребенка беды. Прозвище Бутыш вполне могло быть таким внутрисемейным оберегом: родители нарекали сына именем могущественного духа, желая ему счастья и покровительства высших сил.

Есть и более приземленная версия. Она связывает прозвище Бутыш с русским словом «бут» — так называют каменную кладку, основание здания, скрытое под землей. В этом случае прозвище могло закрепиться за строителем или каменщиком, то есть относилось к разряду «профессиональных» именований, указывающих на ремесло предка.

Третья версия — топонимическая. Прозвище Бутыш могло произойти от названия поселка Бутыш в Камбарском районе Удмуртии. В таком случае фамилия указывала бы на выходца из этого места.

Что касается социального статуса, известно, что дворянский род Бутышевых был внесен в список дворян Киевской губернии. Это не значит, что все носители фамилии — потомки дворян, но указывает на то, что среди предков были люди, сумевшие получить дворянство по службе или выслуге. Как бы то ни было, потомок человека по прозвищу Бутыш со временем получил фамилию Бутышев.