Фамилия Бужгеев — редкая, с неочевидной на слух основой. Её структура проста: корень «Бужг-» и типичный русский фамильный суффикс «-ев», указывающий на принадлежность («чей?» — Бужгеев). Суффикс «-ев» присоединяется к основам на мягкий согласный или шипящий, что в данном случае подтверждает: исходное прозвище или имя звучало как Бужга или Бужгей.

Самая вероятная версия происхождения корня — тюркская, а именно из языков народов Поволжья и Приуралья (татарского, башкирского, чувашского). Слово «буж» или «бужга» в ряде тюркских диалектов означало «бык», «бугай» или, в переносном смысле, «крепкий, упрямый человек». Прозвище Бужга мог получить сильный, грузный мужчина, либо тот, кто занимался разведением или пастьбой скота. В пользу тюркского источника говорит и характерная для таких фамилий география: Бужгеевы встречаются в Оренбургской области, Башкортостане и Татарстане.

Менее вероятно, но возможно, что основа связана с местным диалектным словом «бужать» (гнать, бежать) или с названием птицы «бугай» (выпь). Однако в ономастике чаще всего фамилии с неясным корнем, оканчивающиеся на «-еев», восходят именно к тюркским или финно-угорским прозвищам, которые в XVI–XVII веках вошли в русскую среду через служилых людей и крестьян юго-восточных окраин.

Фамилия не получила широкого распространения и не попала в дворянские родословные книги. Её носители, скорее всего, были выходцами из крестьянской или казачьей среды, где прозвища закреплялись за целыми родами. Написание Бужгеев (с «г») — единственно верное; вариант с «к» (Бужкеев) не фиксируется.