Фамилия Бужеев — редкий случай, где географическая привязка оказывается надёжнее, чем прозрачная этимология. В отличие от большинства русских фамилий на -ев, образованных от имён или прозвищ, основа «Буже» не имеет очевидного славянского корня в словарях древнерусских имён. Самый вероятный путь — фамилия происходит от гидронима или топонима, а именно от реки Бужа (Бужея), протекающей в Ивановской и Владимирской областях. Житель с этой реки получал прозвище «Бужея» или «Бужей», а его потомки становились Бужеевыми. Такая модель типична для северо-восточных земель Руси, где фамилии нередко закрепляли за человеком место его прежнего жительства.

Менее убедительная, но возможная версия связывает основу с диалектным словом «бужать» — в некоторых говорах так называли гудеть, издавать низкий звук, или же бежать, нестись. В этом случае Бужеем могли прозвать человека с громким голосом либо, наоборот, непоседу. Однако в письменных источниках такое прозвище не встречается, и версия с рекой выглядит надёжнее.

Суффикс -ев указывает на принадлежность: «чей?» — Бужеев, то есть сын или потомок Бужея. Фамилия фиксируется в центральных и северных губерниях России, особенно в Костромской и Ярославской областях, что косвенно подтверждает связь с местной гидронимией. Встречаются также варианты написания с одной «е» — Бужев, но они единичны и, скорее всего, результат упрощения при переписи.

Ономастические справочники (например, работы В. А. Никонова по русским фамилиям) обходят Бужеева стороной, что говорит о её локальном характере и отсутствии в дворянских родословных книгах. Сословно фамилия, скорее всего, крестьянская или мещанская — носители её не поднимались выше купечества и не оставили следов в истории за пределами своего уезда.