Фамилия Бужеря — редкий случай, когда прозвище или имя практически не изменилось за века и перешло в фамилию в почти исходной форме. В ней нет типичных русских фамильных суффиксов -ов, -ин, -ский, что сразу указывает на нерусское, скорее всего, западнославянское или южнославянское происхождение. В польском, украинском, молдавском и румынском языках фамилии на -я, -е, -у встречаются гораздо чаще, чем в великорусской традиции.

Самая вероятная версия связывает основу «Бужер» с румынским словом «bujor» (пион). В румынском и молдавском ареалах фамилии Бужор, Бужоряну, Бужеря распространены и восходят к названию цветка или к прозвищу румяного, цветущего человека. Человек с такой фамилией мог получить её за внешность или за то, что жил в местности, где росло много пионов. Менее вероятна, но возможна связь с диалектным глаголом «бузить» (шуметь, скандалить) через форму «бузеря» — тогда это прозвище беспокойного человека, но фонетически это менее надёжно.

С точки зрения словообразования, фамилия Бужеря — это усечённая или народная форма от более полных патронимов или топонимических фамилий. Суффикс -я здесь мог выполнять роль уменьшительности или принадлежности (как в украинском «Бужеренко» — сын Бужера), но со временем закрепился как самостоятельный фамильный элемент. В документах XIX — начала XX века такую фамилию можно встретить среди крестьян и мещан Бессарабской губернии, а также в Подолье и на Буковине — регионах, где смешивались славянские и романские языковые влияния.

Носители фамилии Бужеря сегодня рассеяны: значительная часть живёт в Молдове и на юго-западе Украины, есть потомки эмигрантов в Румынии и диаспоре. В России фамилия редкая, встречается в основном в Краснодарском крае и Ростовской области — туда переселялись крестьяне из Бессарабии в конце XIX века. Сословной принадлежности предков по одной фамилии не установить: Бужеря мог быть и зажиточным хозяином, и бедным батраком, фамилия не даёт подсказок о социальном статусе.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Бужор, Бужоряну, Бужеренко) показывает, что исходная форма «Бужер» — это либо прозвище, либо вариант имени Бужир (возможно, от тюркского «буз» — лёд, холод, но это уже гадательная версия). В целом, для человека с фамилией Бужеря наиболее надёжная нить ведёт к молдавским или украинским корням и к прозвищу, связанному с цветком или яркой внешностью.