Фамилия Бужеева образована от прозвища или мирского имени Бужей. В русской ономастике суффикс -еев обычно указывает на притяжательное значение («чей?» — Бужей → Бужеев), то есть «сын Бужея» или «потомок Бужея». Сама основа — Буж- — встречается в русских говорах в нескольких значениях. В вятских и пермских диалектах «бужа» или «буж» называли глупого, бестолкового человека, иногда — зазнайку. В северных говорах «бужать» значило шуметь, кричать, так что Бужей мог получить прозвище за громкий голос или сварливый нрав.

Версия, связывающая фамилию с тюркским корнем (например, от татарского «бужа» — «лед»), маловероятна для фамилии с русским суффиксом -еев, характерным для центральной России. Скорее всего, Бужеевы — это потомки крестьянина или посадского человека, которого в быту окликали Бужей. Фамилия редкая и географически привязана к Вятке и Поволжью: по данным современных справочников, Бужеевы встречаются в Кировской области и Татарстане, что косвенно подтверждает диалектное происхождение.

Интересно, что фамилия сохранила архаичную форму суффикса -еев, а не более распространённый -ов. Это может говорить о том, что прозвище Бужей оканчивалось на мягкий согласный или йот, что в русской традиции XV–XVII веков давало именно -еев, а не -ов. В отличие от фамилий вроде Бужев (с более поздним упрощением), Бужеева — более точный слепок исходного прозвища.