Фамилия Бужерина — женская форма фамилии Бужерин, и её происхождение стоит искать в прозвище или имени предка по мужской линии. Основа фамилии, «Бужера», не входит в число распространённых древнерусских имён, поэтому логичнее предположить, что это прозвище. Скорее всего, оно связано с диалектным словом «бужера» или «бужира». В южнорусских и украинских говорах «бужа» или «буже» могло означать «глушь», «чаща», «труднопроходимое место». Человек, живущий в такой местности или родом из неё, мог получить прозвище Бужера. По другой, менее вероятной версии, корень восходит к тюркскому «буз» (лёд, холод) или «буза» (лёгкий хмельной напиток), но для фамилии с суффиксом -ин это даёт неубедительную связь.

Модель образования проста: суффикс -ин указывает на принадлежность. В русской традиции фамилии на -ин образовывались от основ, оканчивающихся на -а или -я. Бужерин — буквально «сын Бужера» или «человек из семьи Бужера». Такая модель типична для крестьянской и мещанской среды центральной России и Поволжья, где фамилии часто фиксировались в XVII–XIX веках по имени или прозвищу главы двора. Географически фамилия Бужерина (и Бужерин) встречается редко, преимущественно в Воронежской, Ростовской областях и на Кубани — регионах, где сильны южнорусские говоры и где могло бытовать слово «бужера». Это косвенно подтверждает связь с местным диалектом.

Словообразовательный разбор показывает, что фамилия не имеет отношения к дворянским родам (там преобладали фамилии на -ский/-ской) или к церковным именам. Это «бытовая» фамилия, возникшая из прозвища, которое давали по месту жительства или по характерной черте. Встречается вариант написания Бужерина с ударением на второй слог, хотя первично, скорее, ударение на первый — от прозвища Бу́жера. В целом, носительница фамилии Бужерина может с высокой вероятностью считать, что её предки были крестьянами или казаками из чернозёмной полосы России, а сама фамилия рассказывает не о роде занятий, а о месте или особенности, за которую предка прозвали.