Фамилия Бужужан — редкая, звучная и явно нерусская по корню. В русской среде она почти не встречается, и её происхождение лежит за пределами славянского ареала. Самое правдоподобное объяснение — восточное, а точнее тюркское или иранское (осетинское) происхождение.

При разборе бросается в глаза необычная структура. Типичные русские фамилии заканчиваются на -ов, -ин, -ский. Здесь же мы видим формант -ан. В русской ономастике такой суффикс редко образует фамилии от нарицательных слов — чаще он встречается в заимствованных фамилиях (например, молдавские или турецкие). В тюркских языках -ан может быть уменьшительным или образовывать имена и прозвища. Основа «Бужуж» — это, скорее всего, прозвище или имя.

Самая сильная версия связывает фамилию с осетинским языком. В осетинском есть слово «буз» или «бузджын», означающее «сытый», «обильный», «благодарный». Повтор слога «жу» (Бу-жу-жан) может быть результатом народной этимологии или искажения при записи в документах. Если исходная форма была «Бузджын» или «Бузджан», то фамилия могла означать «сытый человек», «богатый» или «благодарный». В осетинских фамилиях суффикс -ан встречается (например, Билаонов, Цаллагов), хотя чаще они оканчиваются на -ты/-ти.

Менее вероятная, но возможная версия — армянский след. Армянские фамилии часто заканчиваются на -ян, и «Бужужян» при русификации могло потерять «я» и превратиться в «Бужужан». В армянском языке корень «буж» означает «лекарь», «целитель» (отсюда «бжшк» — врач). Тогда «Бужужан» могло быть прозвищем лекаря или знахаря, а двойной слог «жу» — это либо ласкательная форма, либо искажение.

Географически фамилия могла возникнуть на Северном Кавказе, в Осетии или в среде армянской диаспоры, переселившейся в Российскую империю. В любом случае, носитель фамилии Бужужан — это человек, чьи предки, скорее всего, не были русскими крестьянами или дворянами. Фамилия несёт в себе отпечаток горской культуры или южного ремесла. Поскольку фамилия крайне редкая, её носители, вероятно, происходят из одной семьи или небольшой родовой группы, сохранившей необычное имя в документах XIX–XX веков.