Фамилия Бвайко звучит необычно для русского уха, и это не случайно. Её корни уходят в белорусскую или украинскую языковую среду, где распространена модель фамилий на -ко. Суффикс -ко в восточнославянских фамилиях (особенно на западе и юге) часто указывает на уменьшительную или прозвищную форму: он как бы говорит «сын такого-то» или «маленький, молодой». В данном случае основа — «Бвай» — явно не славянского происхождения.

Скорее всего, фамилия Бвайко — это русифицированная или адаптированная запись более старой фамилии, возможно, польской или балтской. Наиболее правдоподобная версия: в основе лежит польское слово «bwać» (устар. «быть» или «существовать», родственное русскому «бывать»). В диалектах и старых записях могло возникнуть прозвище «Bwaj» — от глагольной формы вроде «bwaj» (что-то вроде «будь», «живи»). Такое прозвище могли дать человеку жизнерадостному, долгоживущему или просто как пожелание. Позже к нему добавили уменьшительный суффикс -ко, получив «Bwajko», а при записи в русских документах букву «w» заменили на «в» — вышло Бвайко.

Альтернативная, но менее вероятная версия связывает фамилию с литовским корнем «bva» (от «būti» — быть) или с немецким диалектным «Bwai» (сокращение от имени). Однако в любом случае ясно: Бвайко — фамилия не массовая, встречается редко. Её носители, скорее всего, происходят из западных регионов бывшей Речи Посполитой (современные Беларусь, Польша, Литва). В XIX веке такие фамилии часто фиксировали у крестьян и мелкой шляхты. Сейчас Бвайко можно встретить в Беларуси, на Украине и в России, но в единичных экземплярах.