Фамилия Чебомари — редкий случай, когда в основе лежит не прозвище, не профессия и не имя, а этноним. Это фамилия, указывающая на национальную принадлежность предка: «чебомари» — это устаревшая, диалектная или искажённая форма слова «черемис». Так в дореволюционной России называли марийцев (луговых мари). В некоторых говорах, особенно на севере Нижегородской и в Вятской губерниях, слово «черемис» произносили как «чебомар» или «чебомари». Фамилия закрепилась в форме именительного падежа множественного числа (как «Чуваши», «Татары»), что для русской модели образования нетипично: обычно фамилии на -и образуются от прозвищ в родительном падеже («Черемисов»), а не в именительном. Здесь же — прямая фиксация самоназвания или внешнего обозначения.

Марийцы (черемисы) издавна жили на Волге, и русские переселенцы, сталкиваясь с ними, давали прозвища по этнической принадлежности. Предок носителя фамилии Чебомари мог быть марийцем по происхождению, перешедшим в православие и получившим фамилию по старому этнониму. Либо так прозвали русского человека, жившего среди марийцев или торговавшего с ними. В любом случае фамилия недвусмысленно отсылает к финно-угорскому населению Поволжья.

Слово «черемис» (и его варианты) имеет несколько гипотез происхождения. По одной из них, оно восходит к марийскому «сарым мӱй» — «военный человек», по другой — к тюркскому «черик» (войско). Но для фамилии Чебомари важна не этимология этнонима, а его бытование в русской среде. Фамилия встречается крайне редко, практически не выходит за пределы Нижегородской области и Марий Эл. Встречаются варианты написания: Чебомаров, Чебомареев — они более привычны для русского уха, так как используют типичный суффикс притяжательности -ов/-ев.

С точки зрения словообразования, фамилия Чебомари стоит особняком. Она не склоняется по падежам (как многие фамилии на -и, -ых), но при этом сохраняет архаичную форму множественного числа. Это позволяет предположить, что фамилия могла возникнуть не как официальная, а как уличное прозвище целого рода или семьи, которое потом записали в документы без изменений.