Фамилия Чеэраев — один из тех редких случаев, когда происхождение угадывается почти сразу, но требует оговорки из-за необычного звучания. Она явно образована от имени или прозвища Чеэрай (Чеэра), к которому добавился стандартный русский патронимический суффикс -ев. Суффикс указывает на то, что предок носителя фамилии был сыном человека по имени Чеэрай, и фамилия закрепилась в русской официальной среде (в метриках, переписях) уже после вхождения региона в состав империи.

Корень «Чеэр-» выдаёт северокавказское, скорее всего чеченское или ингушское, происхождение. В вайнахских языках «чеэр» означает «пот», «испарина» или в переносном смысле — «тяжёлый труд», «работа до седьмого пота». Прозвище Чеэра могли дать человеку неутомимому, работящему, либо тому, кто постоянно был в движении и хлопотах. Встречается и версия, что это вариант имени Чира (Чеэра) — так в горных обществах называли смуглого или черноволосого ребёнка, но это менее вероятно, так как тогда ожидалась бы форма Чираев.

Географически фамилия Чеэраев привязана к Чечне и Ингушетии, встречается также в осетинских селениях, граничащих с Чечнёй (например, в Пригородном районе). В дореволюционных документах она могла записываться без огласовки — Чераев или Чираев, но нынешняя форма «Чеэраев» точнее передаёт гортанное произношение и сохраняет два «э» как признак долготы гласного.

Родовая модель образования у Чеэраевых — личное прозвище + русский суффикс — типична для фамилий горцев, которые фиксировались в XIX веке при выдаче паспортов и воинских списках. Это не дворянская фамилия, а крестьянско-общинная, указывающая на конкретного человека, жившего трудом на земле. Сословный статус предков — свободные общинники, реже уздени (мелкопоместные), но без связи с княжескими родами.

Поскольку фамилия редкая и локальная, массовых миграций её носителей за пределы Кавказа не было. Встретить Чеэраева за пределами Чечни — почти всегда следствие переезда в XX веке на стройки или в армию. Иных версий происхождения (тюркских, монгольских) лингвистика не подтверждает: корень «чеэр» чётко вайнахский, а суффикс -ев — поздний русский канцелярский привесок.