Фамилия Чефанов — редкий случай, когда за простой на вид основой скрывается сразу несколько возможных, и притом совершенно разных, историй. Чтобы разобраться, нужно посмотреть на корень «чефан» и понять, от какого слова его могли образовать.

Самая прямая версия — отчество от прозвища Чефан. В русских говорах слово «чефан» или «чофан» имело конкретное значение: так называли грубую, толстую холстину, а также одежду из неё, например рабочий фартук или мешок. Прозвище Чефан могли дать человеку, который носил такую одежду, торговал ею или ткал холсты. В этом случае предок носителя фамилии был, скорее всего, крестьянином или ремесленником, связанным с производством ткани. Слово это фиксируется в северных и центральных русских говорах, что даёт возможную географическую привязку фамилии.

Вторая версия отсылает к тюркскому имени Чепан, которое в русском произношении могло превратиться в Чефан. У тюркских народов имя Чепан (или Чапан) означает «пастух», «чабан». В южнорусских и казачьих областях, где был тесный контакт с тюркским населением, такие имена легко входили в обиход. Если принять эту версию, фамилия Чефанов — это русифицированная форма от тюркского имени, и её носители могли происходить из среды служилых людей или казачества, перенявших тюркские прозвища.

Суффикс -ов указывает на типичную модель русской фамилии, означающую «сын Чефана» или «принадлежащий Чефану». Фамилия недворянская по происхождению: такие отчества на -ов обычно получали крестьяне, мещане и духовенство.

Встречается вариант написания Чифанов — это могло быть результатом акающего произношения (когда «е» звучит как «и») или ошибки писаря. В любом случае, обе формы восходят к одной основе. Сравните с фамилиями Чеботарёв (от «чебóтарь» — сапожник) или Черепанов (от прозвища «черепан» — гончар) — все они образованы по одному типу от названия профессии или предмета быта. Фамилия Чефанов стоит в этом же ряду, но с тем отличием, что её корень сегодня почти забыт, и точное значение можно восстановить только через диалектные словари.