Фамилия Ченушкина — женская форма фамилии Ченушкин, а та образована от прозвища или имени Ченушка. Основа здесь — «чен-», которая может восходить к диалектному слову «чен» или «чена» — так в некоторых русских говорах называли челн, лодку-однодеревку, выдолбленную из цельного ствола. Если это так, то Ченушкой могли прозвать лодочника, перевозчика или того, кто делал такие лодки. Версия рабочая, но не единственная.

Вторая, более вероятная линия — связь с тюркскими корнями. В татарском и башкирском языках есть слово «чән» (чэн) — «колокол» или «звон». Суффикс «-ушка» в русских фамилиях нередко прикреплялся к иноязычным основам, адаптируя их: Ченушка могло быть прозвищем звонаря, либо человека с громким голосом. Модель «основа + -ушка + -ин» типична для центральных и южнорусских регионов, где активно смешивались славянские и тюркские говоры. В пользу этого говорит и то, что фамилия Ченушкины встречается в Поволжье и на Урале — в зоне давних контактов с татарами и башкирами.

Суффикс «-ин» указывает на принадлежность: «чей?» — Ченушкин, то есть сын или потомок Ченушки. Такая модель в русских фамилиях — одна из древнейших, она фиксировала прямое родство, а не сословную принадлежность. Поэтому Ченушкины могли быть и крестьянами, и мещанами, и служилыми людьми — фамилия не даёт подсказки о социальном статусе предка.

В письменных источниках фамилия не частая, но не единичная. Встречается, например, в метрических книгах Симбирской губернии XIX века. Есть также вариант Ченушков — с другим суффиксом, но той же основой. Если сравнивать с однокоренными фамилиями (Ченцов, Ченов), то Ченушкина стоит особняком из-за уменьшительно-ласкательного суффикса: он придаёт прозвищу скорее бытовой, неофициальный оттенок. Предка, скорее всего, звали не по документу, а по характерной черте или занятию.