Фамилия Чепукайтес — редкий случай, когда литовское окончание -айтис (-aitis) встречается в русской записи. Если вы видите такую фамилию у человека, говорящего по-русски, перед вами почти наверняка потомок литовцев или жителей бывшего Великого княжества Литовского, чью фамилию «обрусели» на письме, но не переделали на славянский лад.

Основа фамилии — литовское слово čepukas или čepūkas. В литовском языке čepūkas — это «шапка» или «колпак», а в переносном смысле — прозвище человека, который постоянно носит шапку или имеет какую-то особенность головного убора. Суффикс -айтис (-aitis) в литовской антропонимии — типичный патронимический (сын такого-то). То есть Чепукайтес буквально означает «сын Чепукаса» или «потомок того, кого прозвали Шапкой». Это аналог русских фамилий на -ов, но с литовской грамматикой.

Интересная деталь: в самой Литве фамилия звучала бы как Čepukaitis и писалась бы с буквой Č. Русская передача «Чепукайтес» — это калька начала XX века, когда литовские фамилии записывали на слух, без учёта литовской орфографии. Окончание -ес вместо -ис — тоже типичная русификация: в русском языке слово склоняли по образцу существительных мужского рода, поэтому -айтис превратилось в -айт(е)с.

Географически фамилия тяготеет к западным регионам бывшей Российской империи: современная Литва, Беларусь, а также Калининградская область. Встречается в документах переписи населения XIX — начала XX века среди крестьян и мещан. Дворянской эту фамилию считать не приходится: литовские патронимы на -айтис были массовыми у простого люда, а знать часто носила фамилии на -ский или польские по происхождению.

Если у вас фамилия Чепукайтес, скорее всего, ваши предки — литовские крестьяне или ремесленники, которых в метриках записали по отцу: «Чепукас» (носитель шапки) → его сын стал Чепукайтисом, а в русском варианте — Чепукайтес. Фамилия не имеет отношения к чепухе или чему-то несерьёзному: корень тут сугубо предметный, вещественный.