Фамилия Чепукайтис — один из ярких примеров того, как русское ухо слышит литовскую фамилию. Её выдают характерные суффиксы: -айт- и -ис. Первый из них — типичный литовский патронимический показатель (указывает на происхождение от отца), второй — окончание именительного падежа в мужском роде. В русской среде такое окончание часто отсекали, но здесь оно сохранилось, что говорит о поздней или непростой адаптации фамилии.

Основа фамилии — «Чепук-». В литовском языке есть слово čepukas (произносится «чепукас») — «шапка, колпак». Вероятнее всего, прозвище Чепукас дали человеку, который носил заметный головной убор или, возможно, торговал шапками. Менее распространённая версия связывает корень с čepė — «чепец» или с диалектным глаголом čepenti — «болтать, чепушить», но это уже домыслы, не подкреплённые ономастической традицией. Правдоподобнее первое: в литовской антропонимии прозвища по одежде — обычное дело.

Модель образования типична для литовских фамилий на -aitis: Чепукайтис буквально означает «сын Чепукаса». По сути, это отчество, которое закрепилось как фамилия. В Литве такие фамилии массово возникли в XVI–XVII веках, когда крестьянам давали наследственные прозвания.

В русском контексте фамилия Чепукайтис — почти всегда признак литовского или смешанного литовско-русского происхождения. После присоединения западных губерний к Российской империи многие литовцы получали паспорта с записью фамилий на русский лад, но часть сохранила исходную форму. Встречается эта фамилия редко, в основном на северо-западе России и в Литве. Однокоренных аналогов вроде Чепуков или Чепукаев практически нет — это указывает, что фамилия не перешла в русскую модель, а осталась в своей языковой среде.