Фамилия Черепковская — женская форма фамилии Черепковский, и её происхождение напрямую связано с мужским вариантом. В основе лежит прозвище или мирское имя Черепок. В русской традиции «черепком» называли не только фрагмент черепной коробки, но и глиняный черепок — осколок посуды, а также в переносном смысле — человека с крепкой или, наоборот, пустой головой. Иногда так могли прозвать гончара или того, кто ходил в битой посуде.

Суффикс -ск- указывает на то, что фамилия образована по модели, типичной для польской шляхты и русских дворянских родов, а также для фамилий, возникших от названий местности. Черепковский — это, скорее всего, тот, кто происходит из населённого пункта вроде Черепки или Черепково. Такие топонимы встречаются на территории современной Беларуси, Украины и западных областей России. Например, деревни с названием Черепки есть в Брянской и Смоленской областях. Таким образом, фамилия могла закрепиться за помещиком, владевшим землёй в этой местности, или за крестьянином, который оттуда вышел.

Интересно, что в отличие от более частотных фамилий на -ов/-ев, модель на -ский в XIX веке часто была признаком образованности или принадлежности к духовенству. Семинаристы нередко получали такие фамилии при поступлении — их переделывали из деревенских прозвищ в более «благозвучные». В этом случае Черепковский мог быть «искусственной» фамилией, данной будущему священнику по названию его родного села.

Встречаются и более редкие варианты написания — Черепковская с одной «с» или через «а» в окончании, что связано с особенностями местных говоров и канцелярскими ошибками при переписи. Единого сословного знаменателя у фамилии нет: носительницы Черепковской могли быть и крестьянками, и мещанками, и дворянками — география и способ образования фамилии слишком размыты для однозначного вывода.