Фамилия Черепонько звучит нестандартно для русского уха, и это не случайно. Её выдает суффикс -енко: это классическая украинская фамилия, образованная по модели, распространенной на Левобережной Украине (Полтавщина, Черниговщина, Слобожанщина). Суффикс -енко в XVII-XVIII веках означал «маленький» или «сын», то есть Черепонько — буквально «сын Черепня» или «маленький Черепень». Основа здесь — не «череп» в прямом анатомическом смысле, а прозвище Черепень или Черепонь.

Прозвище Черепень могло закрепиться за человеком по нескольким сценариям. Самое очевидное — внешняя особенность: крупная голова, крутой лоб или, напротив, лысина, которая ассоциировалась с черепом. В украинских говорах «череп» также могло означать «черепок», то есть глиняный обломок — такое прозвище давали гончару, который работал с бракованной посудой, или просто нелюдимому, «сухому» человеку. Реже корень связывают с диалектным «черепати» (царапать, скрести) — тогда прозвище относилось к скребнику, кожевнику или въедливому человеку.

Интересно, что фамилия Черепонько обошла стороной русскую суффиксальную норму (-ов/-ев). Если бы предок жил в Московской Руси, он стал бы Черепневым или Черепковым. Украинская форма сохранила уменьшительно-ласкательный оттенок: Черепонько звучит мягче, чем Черепенко или Черепной. В реестрах запорожских казаков встречаются схожие прозвища (Череп, Черепаха), но Черепонько — более поздняя, семейная фамилия, которая закрепилась за одним родом, а не за всем куренем.

Точная география бытования фамилии не описана в крупных словарях, но по косвенным данным (носители в соцсетях, архивные записи) Черепонько чаще встречается в Сумской и Полтавской областях, а также среди потомков переселенцев на Кубани. Сословно это почти наверняка крестьянская или казацкая фамилия: дворянские рода на -енко в этой местности — редкость, и они обычно имели более «благозвучные» основы. Так что предки Черепонько, скорее всего, были хлеборобами, гончарами или мелкими ремесленниками, а прозвище получили за характерную внешность или нрав.