Фамилия Черкунов образована от личного прозвища и относится к распространенному типу русских фамилий. Прозвище Черкун восходит к существительному «черки» (или «чарки»), т.е. обычная сибирская обувь с суконною опушкой. Скорее всего, предок обладателя этой фамилии был сапожником и шил такую обувь, за что и получил прозвище Черкун. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Черкун, со временем получил фамилию Черкунов. О точном месте и времени возникновения фамилии Черкунов в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Черкунов представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.