Фамилия Чернеженко — характерный пример украинской модели фамилий на -енко, которая в XVII–XVIII веках распространилась на Левобережной и Слободской Украине, а позже закрепилась и в южнорусских областях. Суффикс -енко в этой системе означает «маленький», «сын» или «потомок»: Чернеженко — буквально «сын Чернеги» или «потомок Чернеги». Основа здесь — Чернега, а не напрямую «чёрный». Это важное отличие: если бы фамилия образовалась сразу от прилагательного «чёрный», мы бы видели форму Черненко (как, например, Бойченко от «бойкий»). Чернега же — это уже готовое прозвище или уменьшительное имя.

Прозвище Чернега в украинской и южнорусской среде имело два основных значения. Первое — внешний признак: человек с очень тёмными волосами, смуглой кожей или черными глазами. Второе — социальное: чернегами часто называли монахов (от «чернец»), причём не обязательно в прямом смысле, а как ироничное прозвище для того, кто одевался скромно, вёл замкнутый образ жизни или брил бороду на манер духовенства. В некоторых говорах «чернега» означало также «чернорабочий» или «простой мужик», но это значение менее распространено.

Географически фамилия Чернеженко чаще всего встречается в современных Полтавской, Черкасской и Киевской областях Украины, а также в прилегающих районах России — Курской, Белгородской и Воронежской областях. Это зона активного бытования фамилий на -енко, где они вытеснили более ранние формы на -ов/-ев. В XIX веке Чернеженко фиксировались преимущественно среди крестьян и казаков, но не в шляхетской среде — там преобладали фамилии на -ский.

Словообразовательный нюанс: в фамилии сохранился древний суффикс -ег(а), который в украинском языке давал прозвища с оттенком фамильярности или уменьшительности (ср. Бондар — Бондаренко, но Бондарега). Чернега — как раз такой случай: основа «черн-» + суффикс -ег(а). При присоединении патронимического -енко гласный «а» на стыке выпал, и получилось Чернеженко, а не Чернеганенко. Это стандартная морфонология украинских фамилий.

Известных носителей с этой фамилией в общероссийских энциклопедиях немного, и в открытых источниках нет громких исторических фигур с фамилией Чернеженко. Это рядовая фамилия, которая не стала дворянской и не попала в «Бархатную книгу», но зато массово представлена в метрических книгах и ревизских сказках XIX века — типичная история для потомков крестьян и казаков, получивших фамилию по отцовскому прозвищу.