Фамилия Черничкина — женская форма, а её мужской вариант, Черничкин, образован по самой распространённой в России модели: от основы на -а, -я через суффикс -ин. Это значит, что в основе лежит прозвище или имя Черничка.

Сразу разберёмся с корнем. «Черничка» — это не только ягода (хотя и она тоже). В русских говорах черничкой называли смуглую, черноволосую девушку или женщину (от «черный» — тёмный). Но есть и другая, более вероятная версия: в некоторых регионах «черничкой» звали монахиню или послушницу, которая носила чёрное одеяние («черница»). Слово «черничка» могло быть уменьшительно-ласкательным от «черница» — так в народе называли тех, кто ушёл в монастырь. Прозвище Черничка могли дать либо очень смуглому человеку, либо тому, кто был связан с церковью (например, прислуживал в монастыре или отличался строгим, «монашеским» образом жизни).

Словообразовательная модель здесь прозрачная: прозвище Черничка → отчество в притяжательной форме «Чей сын?» — Черничкин, то есть «сын Чернички». Со временем отчество закрепилось как фамилия.

Географически фамилия не привязана к одному региону, но чаще встречается в центральных и северных областях России, где были сильны старообрядческие общины и монастырские традиции. В таких местах прозвище «черничка» могло быть особенно распространено.

Есть и редкая, но возможная версия: в некоторых говорах «черничкой» называли не только ягоду, но и птицу — чёрного дрозда. Тогда прозвище могло достаться человеку с чёрными волосами или с характерным голосом.

Известных носителей фамилии в истории немного, и это типично для фамилий, образованных от прозвищ, а не от крестильных имён: такие фамилии реже попадали в дворянские родословные книги. Скорее всего, предки Черничкиных были крестьянами или посадскими людьми, и фамилия сохранила память о внешности или роде занятий своего первого носителя.